علت مشخص و دقیقی برای اختلال اضطراب جدایی در کودکان ذکر نشده است اما وجود علت زمینه ای که منشا روحی و روانپزشکی دارد، کاملا ثابت شده است زیرا :

۱.کودک مبتلا به اختلال اضطراب جدایی، دچار یک نگرانی واقعی است مبنی بر اینکه در صورت ترک خانه و خانواده با پرستارش، اتفاق ناگواری برای آن ها به وقوع می پیوندد.

۲.کودک مبتلا به اختلال اضطراب جدایی، بدون حضور پدر و مادرش یا پرستارش از خانه خارج نمی شود و در هنگام بازی و انجام فعالیت های روزمره زندگیش، به حضور آن ها نیاز دارد.

۳.اختلال اضطراب جدایی در کودکان گاهی تا حدی است که کودک بدون همراه به رخت خواب نمی رود و در برابر خواب مقاومت می کند.

۴.کودک درگیر اختلال اضطراب جدایی از علائم جسمی مانند سردرد و معده درد به ویژه در روزهای مدرسه شکایت دارد.